Il Progetto Bottega Scuola è gestito da un'Associazione Temporanea di Scopo (ATS) denominata ATS Bottega Scuola Piemonte, composta da Agenzie formative accreditate dalla Regione Piemonte.
Il Progetto è realizzato sotto la supervisione di un Comitato Tecnico-Scientifico, mentre la sua realizzazione è affidata ai Coordinatori delle diverse Agenzie.